Ikooni jätmine väikesesse kabelisse eraldatud kohas ei olnud ohutu, seetõttu hoiti seda algselt Narva peakirikus ja hiljem Sõrenetsi küla kirikus, 30 kilomeetri kaugusel Pühtitsast. Igal aastal, 15. augustil (28. august uue kalendri järgi), Jumalaema Uinumise päeval, korraldati Püha mäele imettegeva ikooniga ristikäik. See tee ei olnud kerge: „Sõiduteid polnud üldse, õigeusklikud kõndisid soode ja metsade vahel kitsastel radadel, põlvini soos... ikooni kanti kordamööda, surudes seda vastu rinda,” – on kirjas Sõrenetsi kroonikas.
1885. aastal andis Vene Õigeusu Kiriku Püha Sinod korralduse „kaitsta Pühtitsa pühapaika võõraste katsetuste eest” ning asutati Pühtitsa õigeusu kogudus koos kirikuametiga. Selle loomisel mängisid suurt rolli vürst Sergei Šahhovskoi – Eestimaa kuberner – ja Õigeusu Balti vennaskonna jaoskond Jõhvi asulas.
Üheks põhieesmärgiks, mida vennaskonna jaoskond endale seadis, oli tüdrukutele mõeldud kooli avamine ja võimalusel kodukiriku loomine. Paljude soovijate avalduste tõttu peeti vajalikuks 1887. aasta sügisel avada kool mitte ainult tüdrukutele, vaid ka poistele, sõltumata usutunnistusest. Kui keiser Aleksander III sai teada kooli avamisest Jõhvis, andis ta korralduse eraldada 30 000 rubla toidufondi loomiseks. Kool asus eraelamus ja ei suutnud kõiki õppida soovijaid mahutada, mistõttu otsustati ehitada spetsiaalne hoone vähemalt 150 lapse õpetamiseks.
1888. aasta suvel saatis Kostroma Epifaania kloostri ülem iguumenja Maria Jõhvi viis õde eesotsas nunn Varvara (Blohhinaga), kes töötasid sealses haiglas. 1889. aastal võeti vastu viis orvutüdrukut, kes õppisid käsitööd. Määratud jumalateenistused toimusid vennaskonna kodukirikus. Nii tekkis väike naistekogukond, ja 9. mai 1890. aasta Püha Sinodi korraldusega loodi koguduse kiriku juurde iseseisev kogudus, kuid vennaskonna põhieesmärk oli kloostri rajamine Pühtitsasse. „Meie vennaskonna arvates võiks tulevane naiste klooster hoida imettegevat Jumalaema Uinumise ikooni selle imeilmutuse kohas ja selle püha varjus täita kloostri teekonda,” kirjutas Jelisaveta Dmitrijevna Šahhovskaja oma kirjas Riia piiskopile Arseniusele. 1891. aastal, pärast raskusi maa eraldamisega kloostri jaoks, koliti kogukond Püha mäele, kuhu asutati Pühtitsa naisklooster.
1891. aastal, Jumalaema Uinumise pühal, avati pidulikult kogukond. 1892. aastal määrati Püha Sinodi määrusega kloostri kogukond ümber Pühtitsa Jumalaema Uinumise naiskloostriks ja nunn Varvara ülendati iguumenjaks. Kloostri algusaegadel kehtestati Pühtitsas range kloostrikord, mida võis kohata ainult vanades kloostrites.
Vene keiser Aleksander III kinkis uuele kloostrile rikkalikke vaimulikke rõivaid. Erinevad heategijad annetasid kirikuraamatuid, hõbedast anumaid, lampe, viirukikohvreid ja altarikrutsifikse. Kloostri arengus mängis suurt rolli ka ülempreester Joann Kroonstadtist – jutlustaja ja imetegija. Ta hoolitses kloostri eest, aitas seda rahaliselt ja saatis uusi elanikke. Tema visiitide ajal, eriti Jumalaema Uinumise pidustuste ajal, kogunes Pühtitsasse kümneid tuhandeid palverändureid.
Число насельниц быстро росло. В обители был в полном объеме введен монастырский богослужебный круг, созданы два хора – один для пения на славянском, другой – на эстонском языке. Проповеди также читались на двух языках, что способствало популярности монастыря. Важное значение для местного населения приобрела благотворительная деятельность обители. В приюте для бедных детей воспитанницы обучались чтению, письму и другим предметам по программе церковноприходских школ, а также рукоделию, иконописному и золотошвейному мастерству. В монастырской лечебнице больные бесплатно пользовались лекарствами и медицинским обслуживанием.
Игумения Варвара заботилась об обустройстве и благолепии храма. Она сама собирала пожертвования и приобретала церковную утварь. Из Нижнего Новгорода игумения привезла старинную икону (1782 г.) на кипарисовой доске с серебряным золоченым крестом, в который вделаны 32 частицы святых мощей угодников Божиих. По ходатайству настоятельницы Варвары монастырю были пожертвованы иконы Черниговской Божией Матери и Святого великомученика, целителя Пантелеймона, писанные на Святой Горе Афон. А чудотворная икона Успения Пресвятой Богородицы, благодаря стараниям петербургского золотых дел мастера Андреева, оделась серебряной позолоченной ризой, отделанной бриллиантами и жемчугом. В 1893 году обитель получила в дар святую плащаницу, вышитую золотом по бархату, два больших киота, богато украшенное старинное Евангелие.
15 августа 1893 года на праздник Успения Божией Матери поздно ночью прибыл архипастырь монастыря архиепископ Рижский и Митавский Арсений. В торжественной проповеди владыка сказал: «Когда мы приближались к вашей обители, увидели освещенные храмы и услышали звон колоколов, то остановились, чтобы насладиться гармоничным гласом кампанов ваших, раздающихся на далекое пространство среди ночной тишины, и чудным видом иллюминированного и освещенного лунным светом монастыря. Невольно при этом пришло на мысль недавнее прошлое сей горы: давно ли было то время, когда на этом самом месте, именуемом от лет древних Святой горой, была дикая пустыня, по которой с шумом проносились одни только буйные ветры, пролетали хищные птицы и пробегали дикие звери. А теперь здесь высятся святые храмы Божии, и в церквах слышатся гимны Богу во псалмах и песнях духовных, и обитает в монастырских келиях целый сонм людей Божиих. Поистине теперь эта гора – гора Божия, место святое!»
В 1894 году на сорок втором году жизни скоропостижно скончался князь Сергей Владимирович Шаховской – один из покровителей и благодетелей Пюхтицкой обители. В память о нем вдова поставила на горе, рядом с княжеским домом, храм во имя Сергия Радонежского с усыпальницей князя, где спустя много лет и сама нашла последний приют.
В 1897 году игумения Варвара Указом Святейшего Синода была переведена в Казанскую епархию, а на ее место назначена монахиня московского Страстного монастыря Алексия (Анна Михайловна Пляшкевич).
Заветным желанием игумении Алексии стало строительство большого трехпрестольного собора, который был бы украшением обители и где нашла бы достойное место икона Успения Богоматери. На это требовались огромные средства. Сестры трудились не покладая рук, развивалось золотошвейное дело. На Всероссийской выставке монастырских работ в Санкт-Петербурге в 1904 году плащаница пюхтицких мастериц, шитая серебром и золотом по бархату, была удостоена золотой медали, что, естественно, привлекло заказчиков.
Но наступили трудные времена – русско-японская война 1904-1905 годов внесла коррективы в планы монастыря. В Пюхтицкой лечебнице принимали раненых воинов, за ними усердно ухаживали монастырские сестры милосердия. Приходилось больше работать на полях, чтобы прокормить и насельниц, и обездоленных людей.
Игумения Алексия направляла монахинь за сбором благотворительных подаяний в Ригу, в Санкт-Петербург, в Москву. «И вот сверх всякого ожидания, – свидетельствует летопись, – Господь Бог посылает монастырю помощь в лице нового благодетеля – московского генерал-майора Ивана Филипповича Терещенко, к которому пришла в 1905 году ездившая за сбором подаяний в столицу послушница Анна Абрамова. Заинтересовавшись смиренным, ласковым видом старицы-послушницы, генерал стал ее расспрашивать о монастыре. Старушка добродушно рассказала про Пюхтицу, показала генералу фотографию обители. Вглядываясь в снимок, Терещенко после некоторого раздумья сказал: «Я построю у вас настоящий соборный каменный храм», добавив, что готов немедленно пожертвовать капитал с условием, если в храме ежедневно будет совершаться на проскомидии поминовение его и его родных». Генерал пожертвовал на возведение храма 90 тысяч рублей. Завещание Терещенко выполняется и поныне.
Ныне в величественном пятиглавом монастырском соборе пребывает главная святыня обители – явленная икона Успения Божией Матери, обретенная в XVI веке. Главный престол соборного храма освящен во имя Преславного Успения Пречистой Богоматери, престол северного придела – в честь Святителя Николая Чудотворца и св. вмч. Димитрия Солунского Мироточивого, южного – в честь преподобных Иоанна Лествичника и Серафима Саровского. Украшением Успенского собора является Пюхтицкая икона Божией Матери, история которой чудесным образом связана с именем святого праведного Иоанна Кронштадтского. В 1894 году сестры монастыря написали и подарили в день Ангела горячо любимому пастырю икону, на которой запечатлено явление Пресвятой Богородицы у источника в Пюхтице. Внизу на иконе подпись: «Протоиерею отцу Иоанну Ильичу Сергиеву, труд живописиц Успенскаго женскаго монастыря на Святой горе Эстляндской губернии. 1894 г. 19 октября». Эта икона пребывала с о. Иоанном до самой его кончины.
В июне 1990 года в статусе Пюхтицкого Успенского монастыря произошла кардинальная перемена: монастырь получил звание ставропигиального, то есть перешел в непосредственное подчинение Святейшему Патриарху Московскому и Всея Руси Алексию Второму (в миру Алексей Михайлович Ридигер).
Почти полвека находилась под его окормлением Пюхтицкая обитель. Она обязана ему самим своим существованием. В начале 60-х годов по всей стране закрывались монастыри. Пюхтицкое подворье в Таллинне было сметено с лица земли. Подлежал закрытию и монастырь на Святой горе. Патриарх Алексий Второй, тогда епископ Таллиннский и Эстонский, приложил все усилия, чтобы подобный план не был претворен в жизнь. С его стороны это был настоящий подвиг, и пюхтицкие монахини безмерно ему благодарны за его подвижническое деяние.
Игумения Варвара сразу же занялась благоустройством обветшавшего в те годы хозяйства. При помощи и по благословению Владыки Алексия в монастыре развернулось комплексное строительство: было оборудовано центральное отопление; проведены водопровод и канализационная сеть; установлена своя электромельница; возведены новые кирпичные келейные здания, каменные хозяйственные строения. Архитектурный ансамбль пополнился Сергиевой колокольней, новой крестильной церковью в честь Иоанна Крестителя и священномученика Исидора Юрьевского, домом для представительских целей с современным конференц-залом, музеем и др. Старую бетонную ограду заменила мощная из гранитных валунов стена с угловыми башнями-домами. Отремонтированы и отреставрированы все храмы, позолочены кресты. Заново расписан Успенский собор. Своды Святых врат украшены живописными картинами из истории обители. За оградой оборудована двухэтажная гостиница, возле Святого источника выстроена купальня, а на хозяйственной ферме освящена новая часовня Георгия Победоносца. В богадельне, где живут престарелые или заболевшие монахини, открыта церковь в честь Святителя Алексия и великомученицы Варвары.
Настоятельница всеми средствами старалась облегчить труд сестер. Они по-прежнему работали не покладая рук, только затраты и качество этого труда были несоизмеримы с прежними.