Оставлять икону в небольшой часовне в пустынном месте было небезопасно, поэтому она сначала хранилась в соборе города Нарва, а позже в храме села Сыренец, в 30 километрах от Пюхтицы.
Ежегодно 15 августа (28 по н. с), в день Успения Пресвятой Богородицы, верующие совершали крестный ход с чудотворной иконой на Святую гору. Путь этот был не из легких: «Проезжих дорог не существовало вовсе, шли православные через болота и леса по узким тропам, по колено в болоте... икону несли поочередно, прижимая к груди», – записано в Сыренецкой летописи.
В 1885 году по распоряжению Святейшего Синода Русской Православной Церкви, «дабы оградить Пюхтицкую святыню от инославных посягательств», учреждается Пюхтицкий православный приход с причтом. Деятельное участие в его становлении приняли князь Сергей Шаховской – губернатор Эстляндии и Отделение Православного Прибалтийского братства из местечка Иевве (ныне Йыхви).

Одной из основных задач, стоявших перед отделением, было открытие школы для девочек и по возможности при ней домовой церкви. Ввиду многочисленных заявлений со стороны лиц, желавших отдать своих детей для обучения, было признано необходимым с осени 1887 года открыть школу не только для девочек, но и для мальчиков, притом без различия в вероисповедании. Император Александр III, узнав об открытии школы в Йыхви, повелел выделить 30 тыс. рублей для создания специального продовольственного фонда. Школа размещалась в частном доме и не могла вместить всех желающих учиться, поэтому было решено построить специальное здание для обучения не менее 150 детей.
Летом 1888 года настоятельница Костромского Богоявленского монастыря игуменья Мария прислала в Йыхви пять сестер во главе с монахиней Варварой (Блохиной), которые трудились в лечебнице для приходящих людей. В 1889 году были принято пять девочек сирот, которые обучались рукоделию. Установленные богослужения совершались в домовой церкви Братства. Так возникла небольшая женская община, указом Святейшего Синода от 9 мая 1890 года при храме общины был открыт самостоятельный приход, но основной целью Братство считало устройство монастыря в Пюхтицах. «По мысли нашего Братства будущая женская обитель могла бы явиться хранительницею чудотворной иконы Успения Богоматери на самом месте ее чудесного явления и под сенью этой святыни совершать путь иноческого подвига», – отмечала в своем письме Елизавета Дмитриевна Шаховская епископу Рижскому Арсению. В 1891 году, после всех трудностей, связанных с отчуждением земли для обители, община была переведена на Святую гору, где был открыт Пюхтицкий женский монастырь.

В 1891 году на праздник Успения состоялось торжественное открытие общины. А в 1892 году Указом Священного Синода было определено монашескую общину переименовать в Пюхтицкий Успенский женский монастырь с возведением монахини Варвары в сан Игумении. С первых дней существования обители в Пюхтице был установлен строгий монастырский порядок, какой можно было встретить только в старинных монастырях.
Император Российский Александр III пожаловал новому монастырю богатые священнические облачения. Разными благотворителями пожертвованы церковные книги, серебряные сосуды, лампады, кадила, напрестольные кресты. В устроении обители сыграл большую роль протоиерей Иоанн Кронштадтский – проповедник и чудотворец. Он заботился о монастыре, регулярно помогал деньгами, присылал новых насельниц. Во время его приездов, особенно в торжества Успения Богородицы, в Пюхтице собиралось до десяти и более тысяч богомольцев и паломников.

Игумения Варвара заботилась об обустройстве и благолепии храма. Она сама собирала пожертвования и приобретала церковную утварь. Из Нижнего Новгорода игумения привезла старинную икону (1782 г.) на кипарисовой доске с серебряным золоченым крестом, в который вделаны 32 частицы святых мощей угодников Божиих. По ходатайству настоятельницы Варвары монастырю были пожертвованы иконы Черниговской Божией Матери и Святого великомученика, целителя Пантелеймона, писанные на Святой Горе Афон. А чудотворная икона Успения Пресвятой Богородицы, благодаря стараниям петербургского золотых дел мастера Андреева, оделась серебряной позолоченной ризой, отделанной бриллиантами и жемчугом. В 1893 году обитель получила в дар святую плащаницу, вышитую золотом по бархату, два больших киота, богато украшенное старинное Евангелие.
15 августа 1893 года на праздник Успения Божией Матери поздно ночью прибыл архипастырь монастыря архиепископ Рижский и Митавский Арсений. В торжественной проповеди владыка сказал: «Когда мы приближались к вашей обители, увидели освещенные храмы и услышали звон колоколов, то остановились, чтобы насладиться гармоничным гласом кампанов ваших, раздающихся на далекое пространство среди ночной тишины, и чудным видом иллюминированного и освещенного лунным светом монастыря. Невольно при этом пришло на мысль недавнее прошлое сей горы: давно ли было то время, когда на этом самом месте, именуемом от лет древних Святой горой, была дикая пустыня, по которой с шумом проносились одни только буйные ветры, пролетали хищные птицы и пробегали дикие звери. А теперь здесь высятся святые храмы Божии, и в церквах слышатся гимны Богу во псалмах и песнях духовных, и обитает в монастырских келиях целый сонм людей Божиих. Поистине теперь эта гора – гора Божия, место святое!»

В 1894 году на сорок втором году жизни скоропостижно скончался князь Сергей Владимирович Шаховской – один из покровителей и благодетелей Пюхтицкой обители. В память о нем вдова поставила на горе, рядом с княжеским домом, храм во имя Сергия Радонежского с усыпальницей князя, где спустя много лет и сама нашла последний приют.

В 1897 году игумения Варвара Указом Святейшего Синода была переведена в Казанскую епархию, а на ее место назначена монахиня московского Страстного монастыря Алексия (Анна Михайловна Пляшкевич).
Заветным желанием игумении Алексии стало строительство большого трехпрестольного собора, который был бы украшением обители и где нашла бы достойное место икона Успения Богоматери. На это требовались огромные средства. Сестры трудились не покладая рук, развивалось золотошвейное дело. На Всероссийской выставке монастырских работ в Санкт-Петербурге в 1904 году плащаница пюхтицких мастериц, шитая серебром и золотом по бархату, была удостоена золотой медали, что, естественно, привлекло заказчиков.
Но наступили трудные времена – русско-японская война 1904-1905 годов внесла коррективы в планы монастыря. В Пюхтицкой лечебнице принимали раненых воинов, за ними усердно ухаживали монастырские сестры милосердия. Приходилось больше работать на полях, чтобы прокормить и насельниц, и обездоленных людей.

Игумения Алексия направляла монахинь за сбором благотворительных подаяний в Ригу, в Санкт-Петербург, в Москву. «И вот сверх всякого ожидания, – свидетельствует летопись, – Господь Бог посылает монастырю помощь в лице нового благодетеля – московского генерал-майора Ивана Филипповича Терещенко, к которому пришла в 1905 году ездившая за сбором подаяний в столицу послушница Анна Абрамова. Заинтересовавшись смиренным, ласковым видом старицы-послушницы, генерал стал ее расспрашивать о монастыре. Старушка добродушно рассказала про Пюхтицу, показала генералу фотографию обители. Вглядываясь в снимок, Терещенко после некоторого раздумья сказал: «Я построю у вас настоящий соборный каменный храм», добавив, что готов немедленно пожертвовать капитал с условием, если в храме ежедневно будет совершаться на проскомидии поминовение его и его родных». Генерал пожертвовал на возведение храма 90 тысяч рублей. Завещание Терещенко выполняется и поныне.

В июне 1990 года в статусе Пюхтицкого Успенского монастыря произошла кардинальная перемена: монастырь получил звание ставропигиального, то есть перешел в непосредственное подчинение Святейшему Патриарху Московскому и Всея Руси Алексию Второму (в миру Алексей Михайлович Ридигер).
Почти полвека находилась под его окормлением Пюхтицкая обитель. Она обязана ему самим своим существованием. В начале 60-х годов по всей стране закрывались монастыри. Пюхтицкое подворье в Таллинне было сметено с лица земли. Подлежал закрытию и монастырь на Святой горе. Патриарх Алексий Второй, тогда епископ Таллиннский и Эстонский, приложил все усилия, чтобы подобный план не был претворен в жизнь. С его стороны это был настоящий подвиг, и пюхтицкие монахини безмерно ему благодарны за его подвижническое деяние.